Serge Gnabry aus Abseitsposition (14.) und Leroy Sane (48.) per Freistoß trafen in der regulären Spielzeit für die Gäste aus München, bei denen David Alaba in der 106. Minute eingewechselt wurde. Der Außenseiter aus dem Norden zeigte eine starke Vorstellung und kam durch Fin Bartels (37.) und Hauke Wahl (95.) jeweils zum Ausgleich.
In der Verlängerung fielen keine weiteren Treffer, so dass das Elfmeterschießen die Entscheidung brachte. Nachdem die ersten fünf Schützen beider Teams - darunter auch Alaba - getroffen hatten, hielt Kiels Torwart Ioannis Gelios den Schuss von Marc Rocca und Bartels verwandelte souverän gegen Manuel Neuer.
Nach 33 Pokal-Auswärtssiegen kassierten die Bayern in Kiel die erste Niederlage - am 4. März 2009 hatten die Münchner letztmals ein DFB-Pokalspiel in einem fremden Stadion verloren, damals mit 2:4 bei Bayer Leverkusen. Gegen eine unterklassige Mannschaft waren die Münchner zuletzt im Februar 2004 ausgeschieden, als sie im Viertelfinale mit 1:2 bei Alemannia Aachen scheiterten. Für die Münchner ist damit der Gewinn des neuerlichen Triples aus Meisterschaft, Champions League und Pokal schon früh nicht mehr möglich.