Die Bestellung der Vizerektorin und der zwei Vizerektoren erfolgte auf Vorschlag der designierten Rektorin Elisabeth Gutjahr und nach Stellungnahme des Senats, informierte die Universität in einer Aussendung. Nach den vielen Monaten des Übergangs sei der Amtsbeginn für das neue Rektorat mit einem besonderen Auftrag verbunden: "Mut zur Entwicklung, Bekenntnis zur Qualität, Differenziertheit in der Prozessgestaltung, Salzburg als weltweit einzigartiger Standort und vor allem: Studierende first", wurde betont.
Nach monatelangem Tauziehen um die Neubesetzung des Rektorats hat der neu zusammengesetzte Universitätsrat am 1. März die Bestellung der designierten Rektorin Elisabeth Gutjahr bestätigt. Sie wird ihr Amt am 1. April antreten. Die bisherige Rektorin der Staatlichen Hochschule für Musik Trossingen hätte eigentlich mit Anfang des Jahres als Rektorin beginnen sollen. Ihre Bestellung am 23. November 2017 durch den Unirat scheiterte aber, weil drei Mitglieder des Universitätsrates zurücktraten. Das Gremium war damit nicht mehr beschlussfähig. In erster Linie ging es um die Höhe des Gehalts von Gutjahr.
Die in Salzburg geborene Steuerberaterin Anastasia Weinberger, die Studien der Betriebswirtschaftslehre absolviert und leitende kaufmännische Funktionen in Konzernen übernommen hat, sei als überzeugendste Kandidatin unter 23 Bewerbungen aus der öffentlichen Ausschreibung für eine Vizerektoratsstelle im Bereich Finanzen/Ressourcen hervorgegangen, teilte das Mozarteum mit. Weinberger konnte seit 2010 auch Erfahrungen im Interimsmanagement und bei der Reorganisation von Unternehmen sammeln. Sie berät seit November 2017 das interimistische Rektorat des Mozarteums im Bereich Ressourcen.
Universitätsprofessor Hannfried Lucke ist seit dem Jahr 2000 am Mozarteum tätig. Der in Deutschland geborene Organist ist Mitglied des Kuratoriums der Stiftung Mozarteum Salzburg, hält regelmäßig Meisterkurse in Europa, den USA und Japan ab und ist Juror bei internationalen Orgelwettbewerben. "Hannfried Lucke verfügt über eine wertvolle und langjährige Erfahrung an der Universität Mozarteum und war mehrere Jahre im Senat aktiv. Als international gefragter Künstler bildet er die Brücke zum Kollegium im Haus sowie zur internationalen artistic community."
Mario Kostal ist seit 2013/14 Mitglied der Arbeitsgruppe der Österreichischen Hochschulkonferenz zur Verbesserung der Qualität der hochschulischen Lehre. Der in Dornbirn geborene Jurist und Unternehmensberater wurde im April 2012 zum Leiter der Abteilung des Studienrektors an der Universität Mozarteum bestellt. Er übernahm im Mai 2016 die Ämter des Vizerektors für Lehre und des Studienrektors. Im Jänner 2017 wurde Kostal gemeinsam mit der Vizerektorin für Außenbeziehungen als Interims-Rektorat mit der Leitung des Mozarteums betraut. Kostal soll im Mozarteum "eine Kontinuität und kompetente Begleitung im Lehrmanagement gewährleisten".