Jahrzehntelang kämpfte Klee für die Aufarbeitung der NS-Zeit. Nüchtern und akribisch setzte er sich vor allem mit den Gräueltaten an Behinderten und seelisch Kranken auseinander. Internationales Renommee erwarb sich Klee bereits 1983 mit seinem Buch "Euthanasie im NS-Staat. Die Vernichtung lebensunwerten Lebens", in dem er bis dahin weitgehend unbekanntes Archivmaterial zu diesem Themenkomplex erschloss. 1997 erschien sein Buch "Auschwitz, die NS-Medizin und ihre Opfer", das die Rolle der Medizin in der Zeit beleuchtet. Es beschreibt unter anderem die Experimente, die Ärzte im Namen der medizinischen Forschung an wehrlosen Menschen vornahmen.
Der Name Ernst Klee stehe für Zivilcourage, teilte der Verlag mit. Er habe wie kein anderer in Archiven Material gesichtet und an die Öffentlichkeit gebracht, Täter enttarnt und Opfern ihre Namen und ihre Geschichte gegeben. Im August 2013 erscheine sein letztes, von ihm noch autorisiertes Buch: "Auschwitz - Täter, Gehilfen, Opfer. Ein Personenlexikon".
Klee erhielt für seine Abhandlungen unter anderem die Goethe-Plakette der Stadt Frankfurt und den angesehenen Geschwister-Scholl-Preis. Außerdem bekam der gelernte Heizungstechniker 1982 den Adolf-Grimme-Preis überreicht. Weitere bekannte Werke von ihm sind das "Personenlexikon zum Dritten Reich" und das "Kulturlexikon zum Dritten Reich".