Dem offiziellen Untersuchungsbericht von 1997 zufolge war das abgerissene Bugvisier der Fähre die Ursache für den Untergang. Daran wurden aber immer wieder Zweifel geäußert.
Für eine Dokumentation hatte ein schwedisches Filmteam im September 2019 einen Tauchroboter zum Wrack heruntergelassen. Dabei hatten sie unter anderem ein mehrere Meter großes und bis dahin nicht bekanntes Loch im Schiffsrumpf entdeckt. Das hatte die Behörden schließlich dazu veranlasst, neue Untersuchungen in die Wege zu leiten.
Die Staatsanwältin Karolina Wieslander sagte, dass diese Untersuchungen keine Hinweise darauf ergeben hätten, dass eine Straftat begangen worden war. Auch einen Zusammenstoß mit einem anderen Schiff oder eine Explosion im Bug der "Estonia" schloss Wieslander aus.