Hübner begann seine politische Laufbahn 1986 als freiheitlicher Bezirksrat auf der Wieden. Im Jahr 2008 zog er in den Nationalrat ein, dem er bis 2017 angehörte. Nach der Wien-Wahl 2020 wurde der Außenpolitik-Experte seiner Partei vom Wiener Landtag als Mitglied des Bundesrats entsandt. Im Jahr 2023 schied er aus diesem Gremium aus. Hübner war verheiratet, Vater zweier Töchter und Großvater mehrerer Enkelkinder.
Trauer in Bundes- und Landespartei
"Mit großer Betroffenheit nehmen wir Abschied von Johannes Hübner, der über viele Jahre hinweg eine prägende Rolle in unserer freiheitlichen Familie einnahm", schrieb FPÖ-Obmann Kickl in einer Aussendung. Hübners politisches Wirken "erwuchs aus einem festen Fundament freiheitlicher Werte", würdigte er den Verstorbenen. In all seinen Funktionen habe sich Hübner "für die freiheitliche Gemeinschaft mit voller Kraft und Leidenschaft eingesetzt", schrieben auch Nepp und der Wiener FPÖ-Klubobmann Maximilian Krauss.
Hübner war Ende September 2023 gemeinsam mit dem ehemaligen blauen EU-Mandatar Andreas Mölzer nach Afghanistan gereist und hatte dort unter anderem den "Außenminister" der nicht anerkannten Taliban-Machthaber getroffen, was offizielle Fotos auf X (Twitter) belegten. Die FPÖ-Spitze betonte daraufhin, dass die Reise nicht abgesprochen gewesen sei.