Im Jahr 2000 hatte er sich eindeutig gegen die EU-Sanktionen gegen Österreich positioniert, die die EU-Partner wegen der ersten schwarz-blauen Regierung verhängt hatten. Er stellte sich damit auch gegen die Politik des damaligen deutschen Bundeskanzlers Gerhard Schröder (SPD). Später arbeitete er als Anwalt und übernahm den Vorsitz der Deutsche-Telekom-Stiftung. Zuletzt lebte er in Sankt Augustin bei Bonn. Er hatte vier Kinder; eine Tochter starb bereits mit 20 Jahren bei einem Autounfall.
Die Beisetzung soll auf Kinkels Wunsch im engsten Kreis stattfinden. "Er war ein aufrechter und bescheidener Mann mit Charakter, dessen freundschaftlichen Rat ich sehr geschätzt habe", erklärte Lindner, der ihn als "väterlichen Freund" beschrieb. Kinkel gehörte über viele Jahre zu den engsten Mitarbeitern des früheren Außenministers und FDP-Chefs Hans-Dietrich Genscher (1927-2016). Nach dessen Abschied aus dem Auswärtigen Amt übernahm er 1992 für sechs Jahre selbst das Ministerium. Kinkel war auch Vizekanzler der damaligen schwarz-gelben Koalition.
Die deutsche Bundeskanzlerin Angela Merkel (CDU) würdigte Kinkel als großen Liberalen und kompromisslosen Streiter für Freiheit und Demokratie. "Ich trauere um einen treuen Weggefährten aus der Zeit nach der deutschen Wiedervereinigung", ließ die Kanzlerin mitteilen. Der deutsche Bundestagspräsident Wolfgang Schäuble (CDU) betrauerte in seinem Kondolenzschreiben an die Witwe Kinkels den Tod eines "Weggefährten, der sich in einer für unser Land und Europa bedeutsamen Zeit größte Verdienste erworben hat". Er werde in Erinnerung bleiben als "ein hoch gebildeter, loyaler und warmherziger Freund".
Der deutsche Außenminister Heiko Maas (SPD) erklärte: "Klaus Kinkel wird uns und wird Deutschland fehlen." EU-Kommissionspräsident Jean-Claude Juncker sagte: "Uns verlässt ein deutscher Patriot und ein großer Europäer." Der gebürtige Schwabe Kinkel begann seine berufliche Karriere nach einem Jus-Studium. Als Beamter im Innenministerium war er der erste Zivilist an der Spitze des Bundesnachrichtendienstes (BND). Nachdem die sozialliberale Koalition 1982 von einer christlich-liberalen Koalition abgelöst worden war, kehrte er als Staatssekretär im Justizministerium in die damalige bundesdeutsche Hauptstadt Bonn zurück.
In dieser Funktion war Kinkel nach dem Fall der Mauer auch an der Ausarbeitung des deutsch-deutschen Einigungsvertrags beteiligt. "Sein Verdienst um die Deutsche Einheit, als er in einem kaum vorstellbaren Kraftakt das DDR-Recht in den Einigungsvertrag überführte, kann gar nicht genug gewürdigt werden", erklärte die einstige FDP-Justizministerin Sabine Leutheusser-Schnarrenberger.
1991 wurde der Spitzenbeamte selbst Justizminister. Erst damals trat Kinkel auch in die FDP ein. Ein Jahr später setzte er sich nach Genschers Rücktritt in einer Kampfabstimmung um den Chefposten im Auswärtigen Amt gegen die damalige Bauministerin Irmgard Adam-Schwaetzer (ebenfalls FDP) durch. 1993 wurde Kinkel Vize von Bundeskanzler Helmut Kohl (CDU).
Zusätzlich übernahm Kinkel damals auch noch den Vorsitz der FDP. Nach einer Serie von FDP-Niederlagen bei Kommunal- und Landtagswahlen verzichtete er jedoch 1995 auf eine abermalige Kandidatur. Mit dem Wahlsieg von Rot-Grün verlor er 1998 sein Ministeramt. Bis 2002 saß Kinkel dann noch im Deutschen Bundestag.